Сформированная за 20 лет работы Университета инновационная инфраструктура вуза объединяет подразделения, призванные создать на базе ЮГУ среду для развития технологий наукоемкого бизнеса. Это центры и институты, оснащенные мощной приборной базой и уникальным оборудованием мирового уровня, общая стоимость которого составляет порядка 800 млн. руб.
Тесное сотрудничество в рамках научного и инновационного партнерства ЮГУ с ведущими отраслевыми предприятиями и компаниями реального сектора экономики региона: НК «Салым Петролеум Девелопмент», ОАО «Газпром нефть», ОАО «ЛУКОЙЛ-Западная Сибирь», ОАО «Запсибгазпром», АООТ «Сургутнефтегаз», ООО «Сургутгазпром», ООО «РН – Юганскнефтегаз», ООО «НК Роснефть - НТЦ», ООО «Газпром энерго», ЗАО «СибГео», ОАО «НАК «АКИ-ОТЫОР», НГДУ «РИТЭКБелоярскнефть», ТНК-ВР Холдинг, ОАО «ЮТЭК», ООО «Газпром трансгаз Югорск» и др. позволяет научным исследованиям и разработкам ученых ЮГУ быть востребованными в округе и в стране, а Университету достигнуть передового рубежа финансового обеспечения НИР, НИОКР/ОКР, что составляет в среднем за пять лет (на одного преподавателя) 208 тыс. руб. Ежегодный прирост объемов финансирования в этой области, более чем на 50 млн. рублей, отражает высокий потенциал вуза и позволяет провести капитализацию объектов интеллектуальной собственности, в виде поддерживаемых патентов на изобретения и свидетельств на регистрацию программ ЭВМ, созданные в университете.